Philon von Alexandrien vergleicht die Wirkung des Gewissens mit einem Gerichtshof der Gedanken
Denn die jeder Seele angeborene und mit ihr lebende Prüfung, die nicht gewohnt ist, etwas Unrechtes zuzulassen, die immer eine das schlechte Hassende und die Tugend liebende Natur zeigt, ist Ankläger und Richter zugleich; wenn sie einmal geweckt ist, beschuldigt sie als Ankläger, klagt an und beschämt; als Richter hinwiederum belehrt sie, erteilt Zurechtweisung, mahnt zur Umkehr. Und hat sie überreden können, dann ist sie erfreut und ausgesöhnt; konnte sie das aber nicht, dann kämpft sie unversöhnlich und lässt weder am Tag noch in der Nacht ab, sondern versetzt unheilbare Stiche und Wunden, bis sie das elende und fluchwürdige Leben vernichtet hat.
Der Kirchenvater Origenes deutet Paulus‘ Aussagen im Römerbrief als Theorie der Freiheit des Gewissens (libertas conscientiae)
Und der Apostel sagt, dass diejenigen das Zeugnis eines gesunden Gewissens besitzen, die das in die Herzen eingeschriebene Gesetz einhalten. Daher scheint es notwendig zu erörtern, was dasjenige sei, das der Apostel Gewissen nennt; ob es eine andere Substanz ist als das Herz oder die Seele. Denn von diesem Gewissen wird auch anderswo [in der Bibel] gesagt, dass es tadelt und nicht getadelt wird und den Menschen richtet, selbst aber nicht gerichtet wird. [...] Weil ich also bei ihm eine so große Freiheit sehe, dass es sich immer an den guten Taten freut und über sie jubelt, für die schlechten aber nicht angeklagt wird, sondern die Seele, der es anhängt, tadelt und anklagt, meine ich, dass es der Geist ist, von dem der Apostel sagt, er sei mit der Seele [...], mit ihr verbunden wie ein Erzieher und Leiter, um sie über das Bessere zu ermahnen und über die Schuld zu strafen und anzuklagen.